Ein Merkle-Tree ist eine abstrakte Datenstruktur, die eine Liste von Datenelementen in einem Baum ihrer Hashes organisiert (wie in Git, Mercurial oder ZFS). Die Software von Bitcoin führt nicht den gesamten Block von Transaktionsdaten – die durchschnittlich 10 Minuten an Transaktionen darstellen – gleichzeitig über die Hash-Funktion aus. Vielmehr wird jede Transaktion gehasht, dann wird jedes Paar von Transaktionen verkettet und zusammen gehasht, und so weiter, bis es einen Hash für den gesamten Block gibt. (Wenn es eine ungerade Anzahl von Transaktionen gibt, wird eine Transaktion verdoppelt und ihr Hash mit sich selbst verknüpft.)
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